大约40,000年前，东马沙捞越州的尼亚（NiahCave〕石洞里，已经开始有人类居住了。公元3世纪，马来半岛处于柬埔寨扶南王国（Funan）统治范围内。公元7-13世纪，随着苏门答腊的释利佛逝（Srivijaya〕王朝和满者伯夷（Majapahit〕王朝的先后崛起，马来半岛也跟着落入这两个王朝的掌控中。

    1405年郑和率领船队抵达马六甲，允诺保护该地免遭北方暹粒王朝的攻击，并下嫁公主于此。马六甲势力不断扩大，马来半岛绝大部分地区被其掌握。

    1511-1795年，马来半岛先后被葡萄牙、荷兰和英国人占领，沦为殖民区。英国统治者在1838年和1881年前后又获得沙捞越和沙巴的统治权（其中沙捞越是苏丹政府同英国探险家詹姆斯.布鲁克的私人交易）。20世纪初，英国人为了开发锡矿及树胶园，从中国及印度大量的引进劳工，彻底改变了马来西亚的种族结构和社会特征。

    1957年8月31日，马来亚宣布独立，1963年婆罗洲北部的沙捞越和沙巴两个州以及新加坡一起并入马来亚，建立了马来西亚联邦。1965年由于东姑阿都拉曼及李光耀的政治分裂，新加坡宣布退出马来西亚联邦。

    80年代以来，马来西亚保持着每年8%的高速经济增长，直到1997年东南亚经济危机波及该国，经济出现一定的衰退。