中世纪
早在新石器时代，这里就有人居住，公元45年萨尔茨堡获得城市自治权。公元5世纪时，便修建了
圣彼得修道院，699年萨尔茨堡的第一任主教在这片土地上传教，此后他也成为了萨尔茨堡的主保主人。
萨尔茨堡这个名字第一次出现是在755年，因附近的盐矿和城堡而得名，萨尔茨堡主教主要的收入来源就是垄断盐的销售。739年萨尔茨堡成为主教的驻地，774年
大教堂落成。
巴洛克时代
17世纪初，大主教沃尔夫·迪特里希大兴土木，他命令重建了被多次烧毁的萨尔茨堡大教堂，还修建了
米拉贝尔宫。之后，主教对政治和经济的控制引发了多年的战争。
1622年，萨尔茨堡大学成立是反宗教改革的重要举措，这期间，萨尔茨堡产生了不计其数的学者和艺术家，莫扎特就是其中代表之一。
政教分离和第二次世界大战
1803年，罗马帝国通过法律，实施政教分离，萨尔茨堡大主教失去了统治地位，之后，萨尔茨堡经易主成为巴伐利亚的一部分，后又归还给奥地利。1942年纳粹德国在萨尔茨堡市内建立了集中营，焚书和逮捕犹太人。残酷的空袭中摧毁或损坏了萨尔茨堡46%的建筑，7600间民房被毁，14563人流离失所，有超过550人在空袭中丧生。受损最严重的是火车站附近地区和中心城区，包括萨尔茨堡大教堂的穹窿和
莫扎特故居，不过大部分巴洛克建筑都保存完好，所以萨尔茨堡是仅存的几个保留了原始的巴洛克风格的城市。
和平解放到现在
萨尔茨堡解放后，市民们继续举办自1920年开办的萨尔茨堡音乐节，重新建立了生活的信心，经济也很快恢复起来，如今萨尔茨堡已经成为世界著名的旅游地。