在藏语中“乃”即“地方”意思，而“琼”是“小”的意思，乃琼寺意思就是哲蚌寺下的一个“小地方”，一个小的不需要人们注意。但这乃琼寺，是历史上西藏著名的佛教高等学府，每年考中格西学位的喇嘛多出于此，现在仍是西藏的佛学院。

    现在的乃琼寺建于村居之间，仅仅是个小小的四方院落，院门东开。在传说中是于公元八世纪莲花大师将凶恶的乃琼多吉札丹降伏，将其变为藏传佛教的护法神。因此乃琼寺里有西藏最神奇的一种巫师，也就是法力无边的乃琼神汉，同时也保存下来一种降神的宗教仪式。

    乃琼寺院落里长廊上的众多壁画内容，几乎都跟护法和降魔，地狱与苦难相关。