重檐歇山造，原面宽五间，明扩为七间，进深六间，殿内竖有20根木石连接大柱，仍保存宋代建筑风格。与福州华林寺、宁波保国寺并称为江南古建之华。 三清殿包括山门、三清殿、通明殿、九御殿、四官殿、文昌殿和五帝庙、东岳殿、五显庙、西岳殿等。 

　  三清殿东面的东岳殿，今仍保存着宋代龙柱，明代梁架结构，梁架上彩绘着道教图案，是南方罕见的古建实物。
    三清殿和东岳殿之间的庭院，现已辟为“碑园”，集中存放着从全市各地收集来的碑碣石刻。其中最为宝贵的是宋徽宋赵佶手书的瘦金体《神霄玉清万寿宫碑》、宋孝宗的《赐少保陈俊卿扎碑》和陈俊卿的谢恩表文。《兴化军祥应庙记碑》是研究宋代莆田对外贸易的不可多得的宝贵材料，也是我国人民和印尼人民贸易往来的历史见证。
    此外，尚有苏轼、文天祥、周瑛等历史名人的题刻，荟集着真、草、篆、隶等各体书法，琳琅满目，是珍贵的文化遗产。