此寺融合了伊斯兰建筑和我国古代建筑的风格特点。在兴建此清真寺时就按鹤的形体从“嘴”到“尾”布局。
    大门对面原有照壁墙为“鹤嘴”（1958年拆毁）；寺门是仿唐建筑，翘角牌楼，犹如鹤首昂起；从寺门至大殿，是一条狭长弯曲的甬道，形似鹤颈；大殿相当于鹤身。
    大殿南北两侧有飞檐起翘的半亭，如同鹤翼（南侧半亭即望月亭，北侧半亭已圮）；大殿后左右两侧庭院，有古柏两株，谓之鹤足。
    殿后原临河，遍植竹篁，形如鹤尾（填汶河筑路后竹篁不存）；大殿前，左右两侧各有水井一眼视为鹤目。
    每逢伊斯兰教节日，中外信仰者往往在这里聚礼，今日仙鹤寺已成为扬州和阿拉伯友好交往的一座标志。