航海博物馆共有八个展室，开设了中国航海史、中国航海技术史、航海起源、郑和纪念馆、天妃史迹等五个专题陈列室和一个预展厅，总陈列面积约500平方米，收藏并展出了有关航海方面的文物、典籍、模型、图片1000余件。