马蹄寺，也叫普光寺，建于东晋十六国时期的北凉，距今已逾1600年，然而令人痛惜的是，由于当时的北方军阀割据，混乱一片，加之历代王朝更替，战火绵延，马蹄寺原有规模宏大的建筑群多被毁于战火之中，这其中就包括金塔寺、千佛洞、南北马蹄寺、观音洞以及众多石窟等。
马蹄寺在北凉时期，最早为汉传佛教寺院，后来逐渐成为藏传佛教寺院，属于藏传佛教格鲁派青海东科尔寺的属寺。寺院自建寺以来，香火就极为鼎盛，最盛时的僧众可达1000余人，而建国初期僧众也尚有50余人，足可见历史上马蹄寺的辉煌。
文革时期，马蹄寺再一次遭到严重破坏，不仅寺中石窟、壁画、佛像几乎被毁坏殆尽，就连石窟外的建筑都荡然无存。现在的马蹄寺所存的三十三天石窟、马蹄印石窟、藏佛殿石窟、胜果寺、千佛洞石窟等，多为改革开放之后重新修复，而寺中主要的建筑如大雄宝殿、站佛殿、观音殿、药师殿等多为明万历年间旧迹，实为不幸中之大幸。
这些殿阁虽经历百年风雨侵袭，但仍巍峨屹立于百丈悬崖之上，给人以视觉与心灵的巨大震撼。而寺中收藏的晋代的站佛、北魏时的文殊菩萨宝剑、清康熙帝的龙袍、乾隆帝的马鞍等众多文物，更令人感叹历史风雨沧桑和马蹄寺曾有的辉煌。