波士顿已有360多年的历史，被称为美国“最古老的城市”。
1620年，一批因受宗教迫害的英国清教徒乘坐“五月花”号船，经过长途而艰难的航行，来到马萨诸塞州附近拓居。其中有一支由约翰·温斯洛普率领的队伍在查尔斯河入海口的南部建立了定居点。因为他们中有许多人来自英国林肯郡的波士顿镇，所以便把他们的定居点用故乡的名字命名。
1632年，波士顿成为马萨诸塞州的首府，在波士顿建立不久，清教徒就创立了美国第一所公立学校波士顿拉丁学校(1635年)，和美国第一所大学哈佛大学(1636年)。直到今天，努力工作、道德正直、重视教育仍然是波士顿文化的一部分。
18世纪中叶，波士顿一直是北美洲第一大城市。1773年，波士顿居民为反对英国政府征收高额茶叶税的茶叶政策，登上东印度公司的三条茶船，把价值1.8万英镑的茶叶倒入海中，这就是著名的“波士顿倾茶事件”，为美国独立战争的爆发埋下了导火线。
21世纪初，波士顿已经成为一个智力、技术与政治思想的中心。不过，该市还必须解决1990年代以来因房价急剧上涨造成生活费用过高的问题。2004年，波士顿大都会区已经成为全美国生活开支最高的地方，而马萨诸塞州是全国唯一人口下降的州。